参考になるか分かりませんが、私はFZ750に '88 FZR1000（型式 2GH、エンジン型式 2LL ）のエンジンを換装し、足周りをかえたのでその件をお教えします。
エンジンの換装
基本的にエンジンマウント関係はボルトオンです。
エンジンを車体に載せる際、ストロークアップしている分シリンダー高が1cmほど高くなりますが、FZの場合はフレームと干渉しませんでした。私の時は５人いたので楽勝でした。
但し、イグナイターがエンジンと同型のものが必要となります。
FZ系はピックアップコイルが２個に対しFZR系は１個、進角方式もFZ系はアナログ進角、FZR系はデジタル進角のためです。
また、その際にイグナイターから点火コイルへと接続されるカプラーに細工が必要となります。
点火コイルに繋がっている線はFZ系は橙・灰・黒の３本ですが、FZR系のハーネスについているカプラーと同じ位置に同じ色の線を入れ替える必要があります。
細い精密ドライバー等を使用して電極を抜き取り、入れ替えて下さい。カプラーや電極を入手して作り直そうとしましたが、１００個単位とかでないと入手できないので断念しました。
'91FZR1000 ( 3GM ) だとEXUPが付いているので、EXUP作動用配線もイグナイターに絡んでくると思いますが、EXUPを殺してしまうのであれば上記と同様の細工で大丈夫だと思います（確約は出来ませんが・・・）。
また、エンジン換装をするとマフラーの交換も必要となってきます。エキゾーストフランジ部の直径がFZ系とは違います。
またシリンダー高が上がっているので、3GMと1FMのフランジ径の差を埋めるアダプターを介してFZX用マフラーをつけた場合、オイルパンとマフラーが干渉する可能性があります。
'89以降のエンジンだとオイルパンの出っ張りが大きく、４−１でピラミッド集合のものはほぼ無いと思われます。よって４−２−１集合か '89以降の純正マフラーを使用し、スリップオンにする等が良いと思われます。
４−２−１集合は千葉のオートマジック (TEL：043-254-8198) でFZX改3GMに対応したものを出していたと思います。
また、FZ改3GMにサンダーエース用のバンス＆ハインズの集合を入れていた例もありました。
私はどうしても４−１集合が欲しかったので、神奈川県大和市のフクイレーシング (TEL：0462-68-4639) でワンオフでステン＋ケブラーを作ってもらいました（市販のステン管と同等以下の金額で、仕上げも非常に綺
麗です）。
但し、どの店でもワンオフの場合は車両持ち込みが基本です。
ホイールの換装
ホイールの換装ですが、私はスイングアーム・リンク類を3GM、リアショックをYZF750用オーリンズtype4、それ以外をOW01用パーツ、ブレーキのトルクロッドをワンオフで作ってもらいました。
まずスイングアームですが、ヤマハのビッグバイクはスイングアームピボットの幅が同じものが多いので、すんなり入りました。但し、ピボットに入るカラーの外径が違うので、ベアリングの打ち換えが必要になります。
スイングアームピボット部の内径と、中に入るカラーの外径を調べ、それに合うベアリングをNTN、NSKといったベアリング会社のカタログから見つけて下さい。私の場合たまたまピッタリのものがありましたが、無い場合はカラーを作る必要があります。ここさえクリアできれば、丸ごと移植ができる可能性大です。
しかし、あまり幅の広いスイングアームだとステップ周りと干渉する恐れがあるので気を付けて下さい。
ホイールだけ換装する場合、乱暴な言い方かも知りませんがスイングアーム内幅よりホイール幅が狭ければ入るので、カラーを作ってセンター出しをして下さい。
換装したいホイールが付いている車種のスイングアーム内幅、純正カラーの寸法を参考にすれば、センター出しはさほど難しくないと思います。
ホイールを換装するとチェーンラインが狂う可能性があります。
3GMのエンジンに3GMのホイール（因みにXJR1200のホイールは色が違うだけです）であればセンター出しをすれば問題ありませんが、それ以外だとホイールセンターからドリブンスプロケのオフセット量が違ってくる可能性が大きいです。
方法としては２つあり、ドライブスプロケをオフセットするか、ホイールに細工をするかです。
通常ホイール換装をする場合、ホイールを太くするのでドライブスプロケよりもドリブンスプロケが外にあるケースが多いです。
まず第一の方法は、オフセットドライブスプロケを使用してチェーンラインを出す方法です。これは前出のオートマジックで売っており、ホイールとの組合わせに関するデータも豊富ですので色々と教えてくれます。私もここのスプロケを使っています。
また風の噂でスズキ車用（GSX-R？）の純正パーツでスプロケスペーサがあり、このスペーサにはスプラインが切ってあり、これがヤマハ車のものとピッタリ合うのでうまいことセンターが出るらしいです（あくまでも”らしい”情報）。
第二の方法はホイールを削ってしまうことです。旋盤等でくわえ、ドリブンスプロケの装着される面を内側に追いやります。
但し、これをするとチェーンラインは出たが、チェーンがタイヤと干渉してしまう、といった恐れがあります。
十分に事前検討して下さい。
公認申請
また、上記の改造をした場合、車検時に公認申請が必要となります。
変更の届け出は思ったよりも難しくありませんでした。
前後足周り変更、エンジン換装を申請しましたが、強度検討は駆動系、すなわちチェーンについてのみ必要で、足周りは純正部品であれば他社種のものでもしっかり取り付けてあれば、各部寸法の測定、重量測定、タイヤサイズ変更の記載程度でＯＫだったので、拍子抜けした感がありました。
十分個人でも出来ますよ！
最後に
以上、参考になったか分かりませんが、カスタムは気長に十分検討して行いましょう。
私は２年半かけてバイクを作り今年の８月１８日にやっと車検を取りましたが、充実感・達成感はスゴイものがあります。
180万円掛けたのに真っ直ぐ走らなかったらシャレになんない・・・という危惧は取り越し苦労で、快適なハイスピードツアラーとして生まれ変わりました。
すごいマイナーさんも理想のバイクを目指して頑張って下さい。
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